В настоящее время в Алтайском крае практически не сохранились изначально естественные ландшафты, все они испытывают воздействие хозяйственной деятельности или переноса веществ водными и воздушными потоками. Для сохранения разнообразия флоры и фауны планируется создание разветвленной сети особо охраняемых природных территорий (ООПТ): заповедников, национальных парков, заказников, памятников природы.
В крае в настоящее время отсутствуют как действующие заповедники, так и национальные парки. На территории края существует 33 заказника. Их общая площадь составляет 773,1 тыс. га или менее 5 % площади края, что значительно ниже среднего показателя по России и недостаточно для поддержания ландшафтно-экологического равновесия в биосфере.
В Алтайском крае утверждено 100 памятников природы, из них 54 геологических, 31 водный, 14 ботанических и 1 комплексный.
В настоящее время выявлены ареалы произрастания растений и местообитания животных, относящихся к редким или находящимся под угрозой исчезновения, которые не имеют статуса особо охраняемых территорий.
Вырубка лесов, распашка склонов, выпасы скота сильно изменили степные и лесостепные ландшафты, способствовали отступанию нижней границы лесов кверху. Усилившаяся эрозия привела к образованию оврагов и балок, сносу мелкозема. На месте хвойных лесов появились березово-осиновые рощицы с кустарниково-травянистой растительностью. Большой ущерб нанесла трелевка леса. Она усиливала эрозию, ухудшала лесовозобновление, способствовала смене фитоценозов в лесном поясе.
Многолетние выпасы скота привели к увеличению доли непоедаемых растений. В составе трав преобладают лесные растения, а на менее увлажняемых местах — степняки и альпийцы (20—25%). Лесные растения с высотой постепенно выпадают. Некоторые исследователи считают, что эти горные луга в прошлом были заняты древесной растительностью. Вырубки, пожары и выпасы скота усилили позиции травянисто-кустарниковой растительности и ослабили позиции древесной.