Поселения древних людей на территории нынешнего Красноярска были обнаружены достаточно давно, в девятнадцатом веке и были отнесены ко времени палеолита: люди живут на этой земле более 30 тысяч лет. В первые века нашей эры сюда пришли предки кетоязычных народов — ассанов, коттов, калмажей, полностью исчезнувшие к началу XVIII века. Позднее в междуречье Енисея и Качи жили тюркские народы — аринцы и качинцы. Их поселение называлось «Кызыл-яр-Тура», то есть «город красного берега».
Перед приходом русских территория современного Красноярска входила в Езерское княжество енисейских кыргызов. Гора Кум-Тигей, вероятно, была священным местом качинцев. Летом 1927 года экспедиция музея Приенисейского края под руководством известного сибирского археолога С.А. Теплоухова обнаружила на Караульной горе, где ныне располагается Часовня Параскевы Пятницы, богатое захоронение XIII—XIV вв. Богатство предметов, обнаруженных в могильнике может свидетельствовать о том, что на горе были захоронены члены знатного княжеского рода, которые, вероятно, и правили этой территорией.
Местность, на которой впоследствии был построен Красноярск,стала известной русским ещё в 1608 году. В этом году казаки из Кетского острога, под предводительством енисейско-остяцких князьков Урнука и Намака, отправились вверх по Енисею, с намерением найти «новыя землицы», а затем присоединить их к владениям московского царя. Плывя вверх по Енисею, казаки встретили землю, которою владел аринский князек Тюлька, и назвали её «Тюлькинскою землицей». Это название удержалось до построения Красноярского острога и ухода аринцев. Аринцы, поддерживаемые не только качинцами, но и енисейскими кыргызами, долгое время не соглашались платить ясак русским и принимали все меры к удалению последних с занятого ими места. С этою целью они почти беспрерывно беспокоили их набегами, которые, в конце концов, стали настолько опасными, что казаки решили обратиться к Енисейскому воеводе с просьбою о помощи и защите.
Енисейский воевода Яков Хрипунов, имея в своем распоряжении «для разных поручений и посылок в дальние земли» дворянина Андрея Дубенского, которого он привез с собою из Москвы в 1623 году, послал его осмотреть землю, занятую казаками и, найдя на ней удобное место, распорядился построить острог для защиты от нападений местных племён. Дубенский нашел удобное место для постройки острога, составил план и с ним для его просмотра и утверждения отправился в Москву. Представленный план в Москве одобрили и разрешили приступить к постройке острога.
По возвращении из Москвы Дубенский, взяв с собой триста казаков, в конце 1627 года отправился из Енисейска для закладки нового острога. 18 августа 1628 года русскими построен был т. н. «малый» острог и назван Кpacным Яром, по красному цвету мергеля, составляющего толщу левого высокого берега реки Качи, ниже Красноярска, напротив Татышева острова. Этот день считается днём основания Красноярска. С 1631 года Красноярский острог — центр уезда.
В 1659 году возведён был т.н. «большой» Красноярский острог. Строительство нового острога, почти сразу же ставшего центром сбора ясака, вызвало недовольство местного населения, состоявшего в основном из данников, «кыштымов» енисейских кыргызов, правители которых, в свою очередь, являлись вассалами государства Алтан-ханов (Северо-Западная Монголия). В 1667 и 1679 годах острог дважды осаждался сильным войском кыргызского хана Иренека.
В 1690 году Красноярский острог получил статус города. Растущее социальное неравенство населения и рост воеводских злоупотреблений привели к народному возмущению 1695-1700 годов, известному как «Красноярская шатость».
Служилые люди и их семьи долгое время оставались главными жителями Красноярска. В 1671 году из 242 дворов казакам принадлежало 227, а в 1713 году — 292 двора из 317. В 1708 году население города составляло 849 человек, а в 1713 году в нём проживало 1295 мужчин и 1217 женщин.
В 1722 году Ф.И. Табберт-Страленберг и Д.Г. Мессершмидт впервые определили астрономическое положение города. В 1733-34 годах в Красноярске жил Витус Беринг, готовивший провиант и снаряжение для экспедиции.
Постепенный рост Красноярска начался с приходом в город в 1735 году Сибирского тракта (сейчас федеральная трасса М53), связавшего Красноярск с Ачинском и остальной частью Европейской России. Однако ещё в 1772 году население города составляло всего около двух тысяч жителей, и Красноярск оставался небольшим уездным городом.