Природные воды. Поверхностных вод в Сахаре почти нет, источником водоснабжения являются подземные воды, от близости которых зависит существование людей, животных и растений. Наиболее богаты подземной водой песчаные пустыни. Под песком местами залегают довольно мощные горизонты грунтовых вод, дающие начало источникам. Подрусловые водотоки характерны для многих вади. Воду в Сахаре в большинстве случаев берут из колодцев. В последнее время значительную роль в водоснабжении стали играть глубокие артезианские колодцы и скважины, снабженные насосами, выкачивающими наиболее надежные и постоянные воды напорных горизонтов. Имеются данные об огромных запасах артезианских вод в недрах Сахары и других районов Северной Африки.
В окраинных частях Сахары и некоторых горных районах имеются озера с чистой водой, сохранившиеся со времени последнего плювиала и питаемые подземными водами.
Единственный крупный постоянный водоток в пределах региона — Нил. Эта река, текущая на протяжении многих сотен километров через бесплодную пустыню и оживляющая ее, — одно из самых замечательных явлений природы в Африке. Но существование Нила поддерживается водами, которые он получает вне пустыни.
Растительность. Почвы Сахары не образуют сплошного покрова. Обширные площади песчаных и каменистых пустынь почти совсем лишены почв. Однако при орошении земли Сахары могут стать очень плодородными, так как содержат много необходимых растениям солей. Но с подъемом уровня грунтовых вод часто связано избыточное засоление и появление солончаков.
В растительном покрове Сахары насчитывают 1200 видов растений. Подавляющее большинство их — ксерофиты или эфемеры. Только сравнительно немногие участки, главным образом каменистые, кажутся совершенно безжизненными. Но и на них встречаются растения, поражающие способностью приспособляться к суровым условиям пустыни. Например, среди камней или на песке можно встретить иерихонскую розу — растение с коротким стеблем и ветвями, согнутыми, как пальцы с зажатыми семенами. Во время дождя ветви разжимаются, семена падают на землю и очень быстро прорастают, используя каждую каплю влаги. Семена или клубни других растений сохраняются в земле и также быстро прорастают после дождей, случающихся раз в несколько месяцев или даже в несколько лет. Местами на песках и камнях встречаются колючие приземистые или стелющиеся растения с мелкими листьями или колючками. Иногда камни бывают покрыты толстой коркой лишайников. Кое-где высятся древовидные молочаи. В растительном покрове преобладают серо-зеленые, серые и желтые тона, что придает ему особенно печальный, безжизненный вид.
У южной границы Сахары появляются сообщества кустарников и некоторых жестких злаков. На севере, по границе с Атласской горной страной, встречаются дикие фисташки, олеандры и ююба.
Животный мир. Бедная видами, но довольно богатая особями фауна Сахары включает животных, выносливых и быстро передвигающихся в поисках воды и пищи, или постоянно обитающих недалеко от источников воды. Наиболее типичны для Сахары антилопы аддакс и орикс, газель доркас, газель-дама, горные козлы. Их истребляют из-за мяса и шкур, некоторые из них почти исчезли.
Из хищников наиболее известны шакалы, гиены, лисицы, гепарды. Есть птицы, как перелетные, так и постоянно живущие. Среди последних особенно характерен пустынный ворон. Из рептилий преобладают ящерицы, водятся змеи и черепахи. У редких водоемов в строго локализованных местообитаниях сохранились реликты плювиальных эпох — крокодилы.
Существование реликтовой фауны, а также многие другие факты (например, сухие эрозионные ложбины, террасы на склонах озерных впадин) свидетельствуют о том, что в недалеком геологическом прошлом климат Сахары был более влажным, чем в настоящее время. Особенно убедительны обнаруженные в пещерах центральносахарских массивов наскальные рисунки с изображением растений и животных, ныне отсутствующих в Сахаре, сцен охоты и т.д. Предполагается, что во время последнего плювиала, т. е. еще 10-15 тыс. лет назад, Сахара была обводнена и довольно густо заселена.