Самый теплый месяц — июль, его средние температуры на Алтае на высоте 2000 м около 8° С. Во второй половине августа в горах начинаются первые заморозки, в сентябре они повсеместны. При неблагоприятных тепловых условиях и выпадении значительных осадков летом запаздывает созревание многих культур, что усложняет их уборку. Сумма температур активной вегетации на Алтае на высоте 400 м до 2000°.
Алтай — мощный конденсатор влаги. Он перехватывает ее из воздушных массе, приходящих с запада. Наиболее увлажняются хребты Северо-Западного Алтая. В верховьях Ульбы выпадает 1800 мм. В межгорных котловинах и долинах Восточного Алтая осадков выпадает мало: в долинах Чуй, Чулышмана 400 мм в год, в Чуйской степи и на плоскогорье Укок 200 мм. Обильно увлажняются Катунские балки, вследствие чего здесь максимум ледников Алтая. На Северо-Восточном Алтае выпадает 800—1000 мм в год.
Разнообразие климатических условий требует дифференциации сельскохозяйственного производства. В предгорьях Алтая значительные площади заняты сахарной свеклой. На более высоких уровнях располагаются богарные посевы.
Современное оледенение особенно проявляется на Алтае (более 600 км2). Ледники расположены на высоких уровнях, лучше увлажняемых склонах западных и северо-западных экспозиций. На Алтае выделяется район горы Белухи в Катунском хребте, где находится около 350 ледников. Отсюда они спускаются по долинам до 1950 м. Много ледников в Чуйских белках и на Южном Алтае. Высота снеговой линии сильно колеблется в зависимости от увлажнения: на северо-западе Алтая 2300—2400 м. В последние десятилетия ледники Алтая регрессируют.