Примерно 9500 лет назад подъём суши перекрыл пролив в Центральной Швеции, и образовалось Анциловое озеро. На севере Карельского перешейка оно соединялось широким проливом с Ладожским озером. Река Мга в то время текла на восток и впадала в озеро в районе современного истока Невы.
Примерно 8500 лет назад тектонические процессы открывают датские проливы, и формируется Литориновое море. Уровень воды был хоть и значительно выше нынешнего, но меньше, чем в Анциловом озере. Это привело к образованию Карельского перешейка, и образованию Ладожского озера. Как долго озеро было полностью изолировано неизвестно, уровень воды в озере поднимается быстрее, чем происходит подъём суши, и когда уровень Ладоги превысил уровень водораздела, озёрные воды, затопив долину реки Мги, прорвались в долину реки Тосны. Таким образом, 4 тысячи лет назад возник новый пролив между Ладожским озером и Финским заливом, ставший долиной реки Невы. Старый пролив на севере Карельского перешейка к этому времени уже был выше уровня озера. Последние 2,5 тысячи лет рельеф почти не менялся.
Северная часть Ладожского озера лежит на Балтийском кристаллическом щите, южная на Восточно-Европейской платформе. В ближайших к Ладоге районах южная граница щита проходит приблизительно по линии Выборг, Приозерск, устье реки Видлицы, исток реки Свири.