Иран был категорически против американского вторжения в Ирак. Несмотря на прохладные отношения между странами после окончания ирано-иракской войны, Саддам Хусейн, однозначно, представлял для Ирана меньшую угрозу, чем американцы. Отношения между Ираном и Ираком осложнились вскоре после передачи американцами власти в Ираке временному правительству в середине 2004 года. Тегеран отказался признать новые власти, а министр обороны Ирака в газетном интервью обвинил Иран в прямом вмешательстве во внутренние дела Ирака, захвате нескольких боевых самолетов, переданных Ирану Саддамом Хусейном в 1991, перед началом войны в Персидском заливе. Тегеран отказался, заявив, что переговоры по этому поводу будет вести лишь с демократически избранными властями Ирака. Духовный лидер Ирана Али Хаменеиобвинил временное правительство Ирака в «прислужничестве» американцам.
Одновременно в Эн-Наджафе вновь вспыхнуло шиитское восстание. При этом лидера восстания, Муктаду ас-Садра, американские средства массовой информации считают «человеком Тегерана». Министр обороны Ирака прямо обвинил Иран в организации этого мятежа, поддержке Муктады ас-Садра, и назвал Иран «врагом номер один». В действительности он как иракский националист, весьма неудобен для Ирана. Тегеран, в свою очередь, призвал своих граждан отказаться от поездок в Ирак, в том числе от паломничества в священные для шиитов города Эн-Наджаф и Кербелу.
7 августа посольство Ирана в Багдаде подверглось минометному обстрелу, а на следующий день к антииранской кампании неожиданно присоединились иракские боевики. Группировка «Исламская армия в Ираке» похитила иранского консула в Кербеле, обвинив его в разжигании межконфессионального конфликта между шиитской и суннитскойобщинами страны.
Всё, таким образом, свидетельствовало о начале в Ираке мощной антииранской кампании, поддерживаемой и разжигаемой американской администрацией.
Тем не менее 2 ноября 2004 года министр иностранных дел Ирака Хошияр Зибари заявил, что Ирак намерен в ближайшее время заключить мирное соглашение с Ираном. Это позволило бы окончательно разрешить острые проблемы, сохраняющиеся во взаимоотношениях двух стран. Среди них пограничный спор относительно района Шатт-эль-Арабвдоль юго-восточной границы с Ираном, иранские требования компенсаций от Багдада за причинённый материальный ущерб в ходе ирано-иракской войны 1980—1988 годов, судьба военнопленных.
21 ноября 2005 года новый президент Ирака Джаляль Талабани посетил Иран впервые почти за 40 лет.
В начале апреля 2006 президент Египта Хосни Мубарак заявил, что Ирак находится под полным влиянием Ирана и именно Тегеран контролирует ситуацию в стране. Эта точка зрения на происходящее в Ираке высказывается в арабском мире всё чаще. Иорданские власти, например, полагают, что Ирак находится на пороге полномасштабной гражданской войны, которая может завершиться его распадом.
Лидеры Верховного Совета исламской революции в Ираке (ВСИРИ) поддерживают очень тесные связи с Ираном. Большинство из них во время правления Саддама Хусейнажило в изгнании в Тегеране. Американцы постоянно заявляют, что, якобы, на юге Ирака находится множество представителей иранских спецслужб, которые проникают в страну под видом паломников. Однако, фактически, юг страны в большей степени контролируется Армией Махди, особенно после её генерального наступления весной 2008 года. Возглавляющий её Муктада ас-Садр враждебно относится к оккупационным силам и правительству. Отношения его с Ираном скорее сложные и отмечены взаимным недоверием. Он был в этой стране единственный раз в жизни в рамках «визита вежливости».
28.07. 2009 г. сотни иракских полицейских и солдат совершили штурм лагеря Ашраф около Багдада, в котором проживали приблизительно три с половиной тысячи безоружных иранских беженцев, членов левой революционной организации Моджахедин-э Халк, получившие в качестве беженцев вид на жительство ещё при Саддаме, и находящиеся в непримиримой оппозиции к правящей в Иране власти. Как заявил пресс-атташе этой организации, семь человек убито, есть множество раненых. Многие из беженцев имели двойное гражданство или вид на жительство в Европе, Канаде и Соединенных Штатах. По мнению неизвестного автора АПН Северо-Запад, ликвидация лагеря была предпринята по настоянию Ирана.
С другой стороны, накануне оккупации Ирака, от Рабочей партии Курдистана (PKK), которая ранее вела боевые действия, используя базы на территории Иракского Курдистана, исключительно на территории Турции, отделилась группировка Партия свободной жизни Курдистана (PJAK), которая начала вести боевые действия на территории Ирана [34].
Турецкие СМИ утверждают, что РКК пользуется военной и финансовой поддержкой США. Официально Вашингтон объявил РKК террористической организацией.