За миллионы лет своей истории, Чёрное море (или, точнее, то, что было на его месте) несколько раз становилось то озером, то морем. Существует две гипотезы того, как пресное озеро стало соленым морем. Это резкий прорыв Босфорского перешейка 6 тысяч лет назад, либо постепенное переливание соленых вод через перешеек.
Какая бы из гипотез превращения Новоевксинского моря-озера в Черное море - катастрофическая или постепенная - ни была ближе к истине, последствия повышения солености воды для его обитателей хорошо изучены произошла - уже не в первый раз - почти полная смена водной биоты.
Очертания Черного моря и сегодня не остаются постоянными: оно - медленно, но верно - поглощает свои берега. Повышение уровня Черного моря относительно береговых отметок наблюдается здесь столь же долго, сколько продолжаются научные наблюдения.
За миллионы лет изолированного существования Чёрного моря, как озера, в нем сложилась своя, необычная жизнь. Из представителей тех древних животных и растений, которые теперь называются понтические, или сарматские, реликты - сохранилась лишь небольшая часть - те, которые при осолонении черноморской воды смогли спрятаться в дельтах рек. Среди них - знаменитый азово-черноморский осётр Acipenser guldenstadti colchicus.
Большая часть современных черноморских видов - около 80% - средиземноморские вселенцы, пришедшие сюда после появления Босфорского пролива. Например, морские жёлуди, усоногие раки балянусы Balanus improvisus, - везде - на камнях, сваях, выброшенных на берег предметах - это такая привычная картина! А 200 лет назад их здесь не было, они приплыли в Чёрное море в середине 19-го века - скорее всего, прилепившись к днищам кораблей. Закрытая на протяжении многих тысячелетий и "приоткрывшаяся" лишь 6000 лет назад, экосистема Чёрного моря до сих пор далека от равновесия и очень чувствительна к внешним воздействиям. Поэтому изменения биологической структуры Черного моря продолжаются по сей день - постоянно, буквально на наших глазах, вселяются новые виды, исчезают ранее существовавшие. Каждый год мы находим новые для Черного моря виды микроводорослей. В последние два века многочисленные вселения экзотических видов организмов в Черное море происходили, в основном, с помощью человека - и случайно, и намеренно.
Свирепый хищник - брюхоногий моллюск рапан Rapana venosa прибыл сюда из Тихого океана в 1947 году, он поедает двустворчатых моллюсков; уничтожил почти всех гребешков и устриц в Черном море. Сильно расплодиться здесь он смог благодаря тому, что в Черном море нет его главных естественных врагов - морских звезд: они поедают рапанов на их родине - в Тихом океане. Только планктонные личинки этого моллюска, и совсем молодые, размером несколько миллиметров, рапаны, доступны для морских хищников.
В 2007 году турецкие зоологи сообщили, что нашли рядом с входом в Босфор несколько красных морских звезд (Asterias rubens), обычных в Северной Атлантике и, например, Белом море. Случайно или специально они их туда завезли, неизвестно; и - маловероятно, что они смогут освоиться за пределами более соленых вод прибосфорского района.
Сходство свойств вод Чесапикского залива и Черного моря, возможно, стало одним из важных условий, благодаря которым в Черном море смогли освоится самые прожорливые виды-вселенцы последнего времени - крупные планктоядные гребневики. Они прибыли сюда от Атлантического побережья Северной Америки, скорее всего, именно из Чесапикского залива, с балластными водами какого-то судна. Гребневики Ctenophora - желетелые морские животные; они похожи на медуз, но не родственны им. Планктоядный гребневик мнемиопсис Mnemiopsis leidyi впервые появился в Черном море в начале 1980-х годов. В 1988 году размножившийся мнемиопсис заполнил Черное море. Вся эта живая масса выросла за счет поедания планктона - при этом, естественно, лишив пищи планктоядных рыб - хамса, шпрот. Тех стало меньше (не только из-за мнемиопсиса - рыбаки добывали рыбы столько, сколько могли выловить) - в результате лишились пищи хищные рыбы и дельфины. Затем - уменьшились и уловы рыбаков - их убытки в 1989-1990 гг. оценивались в 300-400 миллионов долларов в год.