По гидрохимическим условиям, особенно в отношении растворенных в воде газов, Черное море весьма своеобразно. Одна из основных присущих только ему особенностей - отсутствие кислорода от горизонтов примерно 170-180 м и до дна. Его другая специфическая черта - наличие ядовитого сероводорода, распространенного во всей толще воды от нижней границы кислородного слоя (около 170-180 м) до самого дна [А.Д. Добровольский, Б.С. Залогин, 1982].
В поверхностных и нижележащих, до горизонтов 125-150 м, водах кислород присутствует всегда и повсюду в море. Его содержание изменяется не столько в пространстве, сколько по вертикали. Верхний, 50‑метровый слой воды характеризуется высоким, близким к насыщению, содержанием кислорода по всей акватории Черного моря. Глубже концентрация этого газа резко уменьшается, на горизонтах 150-180 м он присутствует в очень малых количествах, а ниже практически не встречается, поэтому для кислородных условий Черного моря наиболее показателен верхний слой толщиной 50 м [А.Д. Добровольский, Б.С. Залогин, 1982].
Его содержание и распределение здесь определяется температурой и циркуляцией вод и в значительной мере фотосинтезом, который обогащает этот слой кислородом. В связи с этим в теплое время года на некоторых горизонтах содержание кислорода достигает наибольших годовых величин - до 9 мл/л и более [А.Д. Добровольский, Б.С. Залогин, 1982].
Концентрация и распределение кислорода по вертикали в верхнем слое подвержены сезонным изменениям. Зимой под влиянием вертикальной циркуляции содержание кислорода почти одинаково по величине (примерно 7 мл/л), как по акватории, так и по глубине до горизонта 50 м в центральных и до 100 м в прибрежных районах.
Четко выраженной границы между кислородным и сероводородным слоями в море не существует. Она размыта и прослеживается в виде переходной зоны, где оба газа присутствуют одновременно в наибольших количествах. Ее верхняя и нижняя границы местами несколько поднимаются, местами опускаются в зависимости от развития и сезонной изменчивости динамических процессов и перемешивания водных слоев. В сероводородной зоне Черного моря содержание этого газа увеличивается от 0,15 мг/л на горизонте 150 м до 8,0-10,0 мг/л на горизонте 1500 м, а глубже оно почти стабилизируется [А.Д. Добровольский, Б.С. Залогин, 1982].
Пока еще нет единого общепризнанного объяснения происхождения сероводорода в Черном море. Считают, например, что он образовался в результате разложения пресноводных животных, погибших при проникновении соленых средиземноморских вод во время образования Босфора и Дарданелл (Эгейская катастрофа).
В.И. Беляев (1974), Т.А. Айзатулин, Б.А. Скопинцев (1974), исследовав баланс сероводорода в зоне его сосуществования с кислородом, пришли к выводу, что сероводородное заражение Черного моря обусловлено установившимся равновесным круговоротом соединений серы, а не застоем глубинных вод моря.
Черное море богато биогенными веществами. Содержание и распределение нитритов и нитратов изменяется в широких пределах в зависимости от использования их фитопланктоном. В осенне-зимнее время концентрация этих веществ наибольшая и в верхнем слое, на горизонтах 50-75 м может достигать 15 мкг/л [А.Д. Добровольский, Б.С. Залогин 1982].
Летом они встречаются только в зонах влияния речного стока.
Для моря характерно относительно высокое по сравнению с другими морями содержание фосфатов, особенно в глубинных водах. Наибольшее количество этих веществ в верхнем слое толщиной до 50-100 м наблюдается в январе-феврале, когда происходит интенсивное перемешивание вод и фосфаты поступают сюда из нижележащих слоев.
В мае-июне отмечается их минимальное содержание, вплоть до полного исчезновения, что связано с максимальным развитием фитопланктона. Глубинные воды моря - зона накопления фосфатов, откуда они поступают к поверхности. Их первый по глубине максимум находится на горизонте 130 м, а наибольшая концентрация фосфатов (до 200-250 мкг/л) [А. Д. Добровольский, Б.С. Залогин, 1982] наблюдается в придонных горизонтах.
Количество растворенного кремния в черноморской воде велико во всей толще моря. Его концентрация в поверхностном слое равна 900-1300 мкг/л, причем в прибрежных районах она всегда выше, чем в открытых водах. Содержание кремния увеличивается с глубиной, кроме горизонтов 10-25 м, где сосредоточена основная масса диатомовых водорослей, потребляющих это вещество. Концентрация кремния у дна достигает 7000-8000 и даже 9000 мкг/л [А.Д. Добровольский, Б.С. Залогин, 1982].