Водные ресурсы составляют основу для жизнедеятельности Или – Балхашского бассейна. Бассейн богат поверхностными и подземными водными ресурсами. Они в сочетании с благоприятными климатическими условиями обусловили формирование и развитие в регионе производительных сил и интенсивного сельскохозяйственного производства.
В бассейне более 45 тысяч рек, временных водотоков и логов общей протяженностью 118 тыс. км. Наиболее крупная из них река Или (до 75% водосборной площади бассейна). При впадении в Балхаш она образует дельту с площадью 8 тыс.кв.км. Дельта гидравлически связана с озером и играет роль природного регулятора по поддержанию экологического равновесия в экосистеме, отдавая часть запасов воды озеру в засушливые годы. Она является средой обитания диких животных и птиц, а также кормовой базой для домашних животных. В бассейне, кроме рек, около 24 тысяч озёр и искусственных водоёмов.
Озеро Балхаш является третьим по величине в Казахстане бессточным водоёмом. Котловина озера вытянута и расчленена. Сужением котловины и подводным порогом озеро делится на Западную и Восточную части, соединенные узким (5-6 км) проливом Узунарал. В Западном Балхаше вода слабо солоноватая, а в восточной части – соленая, с высоким уровнем минерализации.
Уровень озера Балхаш является одним из основных индикаторов состояния всей экосистемы бассейна. До зарегулирования стока уровень озера циклически изменялся, в основном, между отметками 341 и 342 м БС. После строительства Капшагайской ГЭС уровень озера находился ниже отметки 341 м с 1984 по 1989 годы (минимум 340,65 м в 1987 г.). В мае 2001 года уровень наблюдался на 341,87 м.
Хозяйственное освоение велось без учета экологической емкости экосистемы бассейна и сопровождалось сооружением искусственных водоемов: на реке Или – Капшагайского водохранилища (общей емкостью 28,1км3), на реке Чилик – Бартогайское водохранилище (0,32 км³) с Большим Алматинским каналом, обеспечивающим переброску воды реки Чилик в междуречье Чилик – Чемолган в объеме до 0,4км³, Куртинское (0,115 км³). Были созданы рисовые оросительные системы на Акдалинском массиве на площади 31,7 тыс.га с водопотреблением до 1,3 км³, на Шингельдинском массиве орошения площадью 15,3 тыс.га с общим забором воды 0,166 км³ в год. Искусственная гидрографическая сеть представлена системой ирригационных и сбросных каналов. Или-Балхашский бассейн обладает большими запасами пресных подземных вод. Их общие прогнозные эксплуатационные ресурсы составляют 17.5 куб км. Их использование пока незначительно и регион имеет резервы в обеспечении водой. Потребление воды в бассейне хозяйствующими субъектами и населением составляет сейчас 3,729км³ . Объём стока в бассейне оз. Балхаш в 2000 году составил 22,51км³. Приток поверхностных вод – 18,51 км³ , подземных- 0,9 км³, осадки и лед – 3,1км³. Испарилось 16,13 км³, расход в дельте р. Или 4,22 км³, ледообразование 0,749 км³. Жилищно-коммунальным хозяйством потребляется 243,97 млн.м³ в год, промышленностью 219,14, сельским хозяйством 3238,67, на рыбное хозяйство 26,9 млн.м³. Основным потребителем являются орошаемые земли.
Изменение гидрологического режима рек и водного баланса бассейна является определяющим для взаимосвязанных между собой экономических, социальных и экологических проблем.
Нарушение естественного режима озера Балхаш. С началом интенсивной хозяйственной деятельности в бассейне нарушился естественный режим экосистемы, включая гидрологический режим озера Балхаш. К 1991 году общий объем потребления воды увеличился почти вдвое и составлял 7,51 км³ в год. Соответственно снизился приток воды в озеро Балхаш до 12,1 км³ в год (1992), из них по реке Или – 10,5 км³ (1992). Как следствие, в 80-е годы произошли понижение уровня озера Балхаш и деградация прибрежных территорий. Площадь поверхности озера сократилась с 21,4 тыс.кв.км в 1961 году до 17,07 тыс.кв.км в 1999 году. Уменьшился переток воды из западной части озера в восточную с 2,7 до 2,1 куб.км в год, что вызвало повышение солености воды в районе г. Балхаша с 1,5 до 2,3г/л.