Красноярск — крупный транзитный узел, расположенный на пересечении Транссибирской магистрали и исторически сложившихся торговых путей по реке Енисей.
Железнодорожный
Через город проходит Транссибирская магистраль, осуществляется железнодорожное сообщение Абакан — Тайшет, Ачинск — Абакан, Красноярск — Богучаны, Ачинск — Лесосибирск. Красноярская железная дорога перевозит 3,2 млн. пассажиров в дальнем сообщении и 13,3 млн. в пригородном. Планируется запуск высокоскоростных поездов Сапсан. Ведётся строительство железнодорожной линии Курагино — Кызыл.
Автомобильный
Через Красноярск проходит автомобильная трасса «Байкал» М53 (Новосибирск — Красноярск — Иркутск),начинаются трассы: «Енисей» М54 (Красноярск — Абакан — Кызыл — Государственная граница), идущая в Монголию (Цаган-Толгой) и «Енисейский тракт» Р409 (Красноярск — Лесосибирск — Енисейск).
Водный
По Енисею пассажирские суда ходят до Игарки, Дудинки, Дивногорска. Енисейское речное пароходство в 2005 году перевезло 3,3 млн. тонн грузов и около 140 тысяч человек. Здание красноярского речного вокзала (1948-52 гг.) — одно из красивейших в стране.
Воздушный
В Красноярске два аэропорта: крупнейший в Восточной Сибири аэропорт Емельяново осуществляющий как пассажирские, так и грузовые перевозки на международных и российские авиалиниях, и аэропорт местных воздушных линий Черемшанка. В аэропорту Черемшанка расположены также авиабазы МЧС и ГУВД. В 2008 году на аэродроме аэропорта Емельяново была установлена система огней высокой интенсивности, на самой взлётно-посадочной полосе — осевые огни и огни зоны приземления (так называемый световой ковёр). Взлётно-посадочная полоса аэропорта Емельяново — первая из трёх в России за Уралом, соответствующая II категории ИКАО.
Аэропорт Емельяново является пунктом технической посадки грузовых рейсов авиакомпании «Lufthansa Cargo» на линии Европа — Азия. Сегодня красноярский аэропорт является вторым по величине после Франкфурта-на-Майне по количеству обслуживаемых рейсов авиакомпании «Lufthansa Cargo». За восемь месяцев 2011 года было совершено 1.153 самолётовылета авиакомпании. Планируется открытие транзитного воздушного коридора Азия — Красноярск — Северный Полюс — Америка. С 1997 года до 2006 года авиакомпаниями различных стран было выполнено более 750 перелётов по кросс-полярным трассам. В 2008 году частота полётов по кросс-полярным трассам выросла до 400 рейсов в месяц. Планируется открытие аэропорта для иностранных перевозчиков по принципу «открытого неба».В настоящее время в проект развития грузового комплекса красноярского аэропорта «Емельяново» партнёры вложили более 750 млн рублей. Ожидается, что грузовая инфраструктура в аэропортах «Емельяново» и «Шереметьево» перейдёт в управление одной компании — «Интерпорт». Её создают московские ГК «Кратос» и холдинг «Интеррос».
Как сообщили в «Интерпорте», в общей сложности через терминалы компании в Москве и Красноярске проходит около 12% всех грузов, перевозимых в России авиатранспортом. Компания намерена занять 15% российского рынка с учётом роста общего грузооборота. В итоге в московском авиаузле эта доля в ближайшие три года вырастет до 50%, а в сибирском регионе — до 90%.
Предполагается создание крупного авиатранспортного узла,где будет производиться консолидация и перевалка грузов, а также обслуживание транзитных пассажиров. Ведётся проектирование нового пассажирского терминала аэропорта. Строительство нового терминала в аэропорту планировалось начать в 2012 году и первую очередь ввести в эксплуатацию к 2015 году. В феврале 2012 года начались подготовительные работы по строительству терминала. Закончить работы планируется в первом квартале 2014 года.
В ноябре 2011 года в аэропорту Емельяново был зарегистрирован полуторамиллионный пассажир. За 2011 год было обслужено более одного миллиона шестисот тысяч человек. Ожидается, что в 2012 году даже при самом пессимистичном варианте пассажиропоток составит около 1 млн. 850 тыс. пассажиров.